"Скважина в доме - это удобно"
Скважина в доме - это непрактично
Если понадобится провести работы, например, вытащить насос с большой глубины, добурить в глубину или заменить трубы в конструкции - то выполнить их не получится.
Для таких работ нужен будет доступ для тяжёлой техники, которая не сможет работать в органиченном в высоту (да и в ширину тоже) пространстве.
Также может случиться подтопление (если вдруг в текущий водонос войдёт напорный (от землетрясения или работ на соседних участках).